Predsjedatelj Vijeća ministara osigurava suradnju između Vijeća ministara, entiteta i drugih razina vlasti u zemlji. Direkcija za europske integracije utemeljena je 2003. godine kao stalno tijelo Vijeća ministara zaduženo za koordinaciju aktivnosti i nadzor nad implementacijom odluka relevantnih za europske integracije. Aktivnosti Direkcije uključuju koordinaciju pitanja koja se odnose na EU i usuglašavanje propisa s pravnom stečevinom EU, ocjenjivanje usuglašenosti s pravnom stečevinom i koordinaciju pomoći EU. Potrebno je ojačati koordinirajuću ulogu Direkcije, koja je posebno značajna u svjetlu sve većeg opsega posla u procesu europskih integracija. Direkciji je potrebno pružiti neophodnu političku potporu za izvršenje zadataka koji su joj povjereni. U kolovozu 2016. godine, Bosna i Hercegovina je uspostavila sustav koordinacije u procesu europskih integracija. Ovaj ‘mehanizam koordinacije’ treba osigurati dosljedno stajalište BiH o svim pitanjima koja se odnose na EU, uključujući sudjelovanje u tijelima uspostavljenim u okviru SSP-a. Mehanizam koordinacije obuhvata preko 1400 državnih službenika iz 14 vlada na svim razinama. Direkcija za europske integracije djeluje kao njegovo tajništvo. Čine ga 36 radnih grupa koje pokrivaju sva poglavlja pravne stečevine, kao i političke i ekonomske kriterije. Bosna i Hercegovina nema nacionalni program za usvajanje pravne stečevine (NPAA) niti sličan strateški dokument, što se traži u SPP-u, i potrebno je da ga prioritetno izradi. Potrebno je da NPAA odražava ulogu različitih razina vlasti na temelju zakonodavnih nadležnosti svake razine.
Povjerenstvo za europske integracije razmatra i usuglašava pitanja koja se nisu mogla riješiti na nivou radnih grupa. Na najvišoj političkoj razini, Kolegij za europske integracije (koji čine šefovi vlada države, oba entiteta i Brčko Distrikta) raspravlja i usuglašava pitanja koja se nisu mogla riješiti na drugim razinama. Odluke koje se donose u okviru mehanizma koordinacije nisu pravno obvezujuće. Kada se kroz mehanizam koordinacije postigne dogovor, potrebno je da 14 tijela izvršne vlasti odluke i formalno potvrdi.
Mehanizam koordinacije korišten je 2017/18. godine za dostavu odgovora na Upitnik Komisije za izradu Mišljenja, koji su dostavljeni u veljači 2018. godine, kao i za odgovore na dodatna pitanja u veljači 2019. godine.
I svaka kantonalna vlada ima svog koordinatora za EU. Iako je Direkcija za europske integracija odgovorna za ocjenjivanje usuglašenosti propisa koji se usvajaju na razini države s pravnom stečevinom EU, vlade dva entiteta i Brčko Distrikta provode vlastite ocjene usuglašenosti.