Предсједавајући Савјета министара осигурава сарадњу између Савјета министара, ентитета и других нивоа власти у земљи. Дирекција за европске интеграције основана је 2003. године као стално тијело Савјета министара задужено за координацију активности и надзор над имплементацијом одлука релевантних за европске интеграције. Активности Дирекције укључују координацију питања која се односе на ЕУ и усклађивање прописа с правном тековином ЕУ, оцјењивање усклађености са правном тековином и координацију помоћи ЕУ. Потребно је ојачати улогу Дирекције у својству координатора, што је посебно значајно у свјетлу све већег обима посла у процесу европских интеграција. Дирекцији је потребно пружити неопходну политичку подршку за извршење задатака који су јој повјерени. У августу 2016. године, Босна и Херцеговина је успоставила систем координације у процесу европских интеграција. Овај ‘механизам координације’ треба осигурати досљедан став БиХ о свим питањима која се односе на ЕУ, укључујући учешће у тијелима успостављеним у оквиру ССП-а. Механизам координације обухваћа преко 1400 државних службеника из 14 влада на свим нивоима. Дирекција за европске интеграције дјелује као његов секретаријат. Чине га 36 радних група које покривају сва поглавља правне тековине, као и политичке и економске критеријуме. Босна и Херцеговина нема национални програм за усвајање правне тековине (НПАА) нити сличан стратешки документ, што се тражи у СПП-у, и потребно је да га приоритетно изради. Потребно је да НПАА одражава улогу различитих нивоа власти на основу законодавних надлежности сваког нивоа.
Комисија за европске интеграције разматра и усаглашава питања која се нису могла ријешити на нивоу радних група. На највишем политичком нивоу, Колегијум за европске интеграције (који чине шефови влада државе, оба ентитета и Брчко Дистрикта) расправља и усаглашава питања која се нису могла ријешити на другим нивоима. Одлуке које се доносе у оквиру механизма координације нису правно обавезујуће. Када се кроз механизам координације постигне договор, потребно је да 14 тијела извршне власти донесе одлуке и формално га потврди.
Механизам координације кориштен је 2017/18. године за доставу одговора на Упитник Комисије за израду Мишљења, који су достављени у фебруару 2018. године, као и за одговоре на додатна питања у фебруару 2019. године.
И свака кантонална влада има свог координатора за ЕУ. Иако је Дирекција за европске интеграција одговорна за оцјењивање усклађености прописа који се усвајају на нивоу државе с правном тековином ЕУ, владе два ентитета и Брчко Дистрикта спроводе властите оцјене усклађености.