Pored toga, različita odjeljenja ili jedinice za EU uspostavljena u svakom ministarstvu u okviru Vlade RS bave se pitanjima EU, uključujući usklađivanje pravnih propisa. Većinu nacrta zakona pripremaju ministarstva u okviru Vlade RS te su nadležna i za pripremu tabele i izjave o usklađenosti s pravnim propisima EU. Djeluju u skladu s 'Instrukcijama za ispunjavanje komparativnog pregleda usklađenosti nacrta/prijedloga propisa s pravnom stečevinom EU i pravnim aktima Vijeća Evrope' koje je pripremilo Ministarstvo za evropske integracije i regionalnu saradnju. Ministarstvo za evropske integracije i međunarodnu saradnju provjerava usklađenost podnesenih prijedloga s propisima EU i priprema mišljenje koje se ne šalje NSRS-u.
Ministarstvo za evropske integracije i međunarodnu saradnju Republike Srpske